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1、塔里木河：突厥语，“（注入湖泊和沙漠的）河水支流”；维语，“脱缰的野马”
2、伊犁河：准噶尔蒙古语，“光明显达”。
3、喀什河：伊犁河支流。维吾尔语，“眉毛”。
4、特克斯河：伊犁河支流。蒙古语，“野山羊众多的河”。
5、巩乃斯河：蒙古语，“踏地有声”。
6、木扎尔特河：突厥语，“冰河山口”。
7、霍尔果斯河：中哈界河。蒙古语，“粪蛋”。
8、阿克苏河：维吾尔语，“（水）流吧”或“白水河”。
9、盖孜河：从帕米尔高原发源。柯尔克孜语：“分水岭”。
10、和田河：古代尉迟（部落）名。一说为蒙古语，“玉的村邑”。汇入塔里木河。
11、玉龙喀什河：和田河支流。突厥语，“白玉河”。
12、喀拉喀什河：和田河支流。突厥语，“黑玉河”、“乌玉河”。
13、克里雅河：维吾尔语“来而未定”或“村落、村镇”。流入塔克拉玛干沙漠中。
14、安迪尔河，在民丰县，维吾尔语，“河边的河”。
15、瓦石峡河，在若羌县，维吾尔语，“繁华”。
16、车尔臣河：古代汉语名，不详。
17、喀拉米兰河，在且末县境内，“喀拉”，维吾尔语，“黑色”；“米兰”，蒙古语“米勒”，意思是：“骏马奔驰的地方”。
18、叶尔羌河：突厥语，“朋友的村镇”、“崖上的城市”。汇入塔里木河。
19、喀什噶尔河：突厥语，玉石集散地。汇入塔里木河。
20、克孜勒苏河：突厥语，“红色的水”。
21、托什干河：维吾尔语，“兔子河”。阿克苏河的上游。
22、吐曼河，在喀什市内，维吾尔语，“雾河”。
23、库车河，古吐火罗语，现代维吾尔语为“白”、“明亮”。
24、开都河：准噶尔蒙古语，“曲折”。
25、孔雀河：维吾尔语称为“昆其”，意为“皮匠”或“干涸的河”。
26、额尔齐斯河：中国惟一流入北冰洋的河流。突厥语，“河流湍急”。
27、青格里河：蒙古语，“娱乐”。
28、乌伦古河：蒙古语，“斑白的河湾”。
29、布尔津河：蒙古语，“放公驼的人”。汇入额尔齐斯河。
30、禾木河：布尔津河的支流，蒙古语，“骆驼肩背”。汇入布尔津河。
31、哈纳斯河：“哈纳斯”，蒙古语，“陡峭”。也有人说是“圣水”，说法不一。汇入布尔津河。
32、哈巴河，蒙古语，一种小鱼，也叫“葫芦片鱼”。
33、塔斯提河：哈萨克语，“多石的河”
34、额敏河，蒙古语，“马鞍形（的河）”。
35、和布克河，蒙古语，“梅花鹿”河。
36、博尔塔拉河：蒙古语，“灰色的草原”。
37、乌鲁木齐河：蒙古语，优美的牧场。
38、阿拉沟：蒙古语，为一（可治病的）药材之名。水量大时进入艾丁湖。
39、呼图壁河：蒙古语，“吉祥”。流入沙漠。
40、玛纳斯河：蒙古语，“巡逻者”。流入玛纳斯湖。
41、奎屯河：蒙古语，“寒冷”。