"清朝的兴起和对天山南北的统一奠定了近代中国国家西北疆域的基础。建省之举则使新疆同内地行政建制一致起来,清朝对新疆的治理以及引起的社会变革也是历史上极为空前的。
清朝是继元朝后由少数民族——满族创建的又一个全国性的统一的朝代。同时也是中国历史上最后一个封建集权王朝。1644年清朝建立之初,清朝使臣同当时控制天山南北各地军政事务的察合台汗后裔进行联系,哈密、吐鲁番等地的察合台汗后裔表示臣服,并派遣使臣前往内地朝贡,两地关系和睦,经济交流不断。至东察合台汗国后期,察合台汗后裔争权夺利,内讧迭起,伊斯兰教和卓干预汗国政事,导致政局更加动荡。1680年,白山派首领阿帕克和卓引导蒙古准噶尔首领噶尔丹部众南下,推翻东察合台汗国,天山南北各地皆处在准噶尔部贵族统治之下。
准噶尔是西蒙古(一称厄鲁特,明代称瓦刺)四部(其他三部是杜尔伯特、和硕特、土尔扈特)之一部,明末清初,已经发展成为四部之首,在兼并其他各部势力范围之后,力量逐渐强盛起来。随着东察合台汗国的覆没,其军事实力更是大增,在这种情况下,噶尔丹违背国家统一的趋势,在独霸天山南北之后,多次向清朝挑衅,欲同清朝分庭抗礼。为了维护清朝的统治,康熙、雍正和乾隆皇帝多次派兵讨伐,1690年,康熙皇帝亲率大军于乌兰布通大败噶尔丹,1755年清军又征伐达瓦齐获胜,为此在昭苏县格登山上立纪功碑。不久,西蒙古的阿睦尔撒纳再度起兵反叛,并占领了伊犁,清军于1756年攻占伊犁,平定了阿睦尔撒纳之乱。至此,清朝终于彻底平息了骚扰西北边疆安全的准噶尔割据政权的叛乱。
准噶尔割据政权统治期间,曾经扶持伊斯兰教“白山派”势力以维护其对南疆地区的政治统治。清朝平定准噶尔割据政权后,依然继续让大、小和卓(大和卓波罗泥都、小和卓霍集占)管理天山南路各地事务,企图借助他们的社会影响来进行统治。殊不知和卓势力作为一个十分守旧落后的社会政治集团,实际上是一股严重妨碍天山南北各地社会稳定的分裂势力。因此,当大、小和卓依靠清朝政府的威望,达到控制南疆各地事务的目的之后,便于1757年公开举起反叛的旗帜,他们杀死清军首领阿敏道以及所属官兵100多人,在该地恢复了白山派的政教合一统治,公然同清朝作对。大、小和卓倒行逆施的行动引起各族人民的强烈反对。1758年,清朝出兵再平大、小和卓叛乱。翌年,清军攻占天山南麓诸城,大、小和卓之乱一举平定。清朝大体完成了天山南北各地之统一。清政府开始在各地置官立府,行使中央政府对天山南北各地的管辖治理,1762年始设伊犁将军管理西域诸地军政事务,府治驻惠远城,伊犁因此成为当时清朝统治天山南北的政治中心。全疆各地军政事务则分设都统、参赞、办事、领队大臣进行管理。西域与内地的军政体制基本一致,国家的统一局面得到进一步的加强。
清朝对天山南北各地的政治统一,顺应了包括西域各族人民在内的全国人民渴望结束分裂、要求实现国家统一的愿望和时代发展趋势,是自秦汉以后两千多年来西域诸地与祖国内地统一关系的发展和必然的归宿,体现了新疆历史过程中政治经济文化发展的内在要求和客观规律。