新疆建省之举,清朝朝野酝酿已久,早在嘉庆二十五年(1820年),著名政治家龚自珍撰写了著名的《西域置行省议》,提出新疆建省设想。而后清军收复新疆时,左宗棠在光绪三年(1877年)上呈的奏折里已提出“设行省、改郡县,为新疆画久安长治之策”的意见。随后,陕甘总督谭钟麟、钦差大臣督办新疆军务刘锦棠等人又数奏论述,遂使建省之说臻于完善。光绪十年(1884年)十月,清政府发布新疆建省上谕,新疆省正式建立,按当时率领清军驱逐阿古柏入侵势力,并从沙俄手中收回伊犁的左宗棠的奏议中言,此时新疆的内涵是“他族逼迫,故土新归”,意为原来是中国的领土,被外国入侵者占领后,现在重新又被收复回来。自后,通行“新疆”之名,再不使用“西域”一名。当时刘锦棠被任命为首任新疆巡抚,仍以钦差大臣督办新疆事宜。刘锦棠就任后,将迪化直隶州升为府,新疆军政中心由伊犁移到迪化。随即调整配置各地军政机构职官,伊犁将军不再总统全疆军政事务之责,驻军制度与内地各省基本一致。民政方面取消伯克制度,行政建置为省以下有道、府、州、县诸级。至清末,即宣统元年(1909年),新疆省行政建置下辖4道,道以下共隶有6府、10厅、3州、21个县或分县。
新疆省的建立结束了自清朝乾隆以来在新疆长期实行的军府体制,使新疆与内地行政建置一致,政令一致。新疆同中原地区的政治、经济和文化方面的联系更加紧密。从而增强了防范外国侵略势力与当地反动伯克相互勾结、发动分裂叛乱的能力,促进了新疆社会的安定和经济进一步发展,巩固和加强了国家的统一和民族的团结。这对于新疆社会经济的发展和进步,对于多民族统一国家的形成发展,客观上都有不可低估的意义。它无疑是保证近代中国西部疆域安全的一项重要举措。清王朝在当时民族矛盾、社会矛盾十分激化的背景下,能够收复新疆,并建立新疆行省,将府县制度全面推行于全疆,这显然是中国历史上应予肯定的一件大事。